化工制藥廢水如果濃度比較高的話，也會具有更強的生物毒性，很難生化，想要將廢水毒性進行有效的降低可以對其進行物化處理，將其可生化性增強從而為后續處理工藝正常進行提供保障。為了讓排放盡量符合標準，也可以使用物化處理的方式來處理那些很難達標的廢水。例如吸附、高級氧化、混凝沉淀等都是比較常見的化工制藥廢水處理物化工藝。

近年來在化工制藥廢水處理方面發展非常迅速，研究出了許多新技術，尤其是高級氧化這方面的研究成效卓然。

對于濕式氧化法來說，利用制藥發酵液來進行處理以后可以有效地降低微生物毒性，從而極大地改善了制藥生化性。氣浮、反滲透、沉淀、吸附等都是化工制藥廢水處理常見的方法。

另外，生物法。好氧生物處理早于上世紀40年代的時候就已經在廢水抗生素處理中得到了應用；生物處理技術得到了很大進步；70年代的時候在生物濾池、曝氣、接觸氧化等多種化工制藥廢水處理工藝中均廣泛應用了生化處理。

而循環式活性曝氣等各種變形以及SBR工藝于80年代之后也紛紛被研發出來，并且在活性污泥中獲得了良好的效果。針對SBR以及CASS等工藝沒有普遍利用在制藥廢水處理中的問題，人們已經開始了針對性的研究，因為好氧生物處理工藝對進水的要求比較特殊，其中只能含有很低的COD濃度，所以必須要稀釋進水才能有效提高化工制藥廢水處理中生物處理技術的應用率。

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